Dicha aplicación necesita ejecutar una misma consulta cada 1 minuto.
El problema es que tardaba aproximadamente 40 segundos y el proceso mysql consumía casi todos los recursos del servidor.
La consulta abarcaba un join entre 3 tablas y en la tercera había un campo utilizado como booleano (verdadero/falso) y se preguntaba por el valor de este en el where.
Resulta que ese campo lo creé mucho después que se pasó a producción el sistema y cuando quise crear un índice la operación no terminaba porque habían decenas de millones de registros. Al cambiar las políticas de tiempo de datos en la tabla (pues ahora sólo se tienen los últimos 3 meses) sí pude crear el índice sobre ese campo. Lo creé tipo hash y ahora la consulta tarda menos de 1 segundo.
Un recordatorio de que se debe insistir en la optimización de nuestras bases de datos

No hace mucho no se disponía de índices con el engine myISAM. Todo esto fue gracias a InnoDB.
Larga vida a InnoDB!
