Vaya adaptando la siguiente modificacion usando Matrices:
<?
$idx = 0; //con eso vamos a ir contando las filas
for ($i=$FechaIni;$i<=$FechaFin;$i+=86400)
{
$domingo = dia_de_semana(date("d", $i), date("m", $i), date("Y", $i));
if ($domingo != "Domingo") {
$idx++; //vamos sumando
?>
<tr>
<td align="center"><input type="hidden" name="fecha[<? echo $idx ?>]" value="<? echo date("Y-m-d", $i); ?>"><? echo date("Y-m-d", $i); ?></td>
<td align="center">$
<input name="importe[<? echo $idx ?>]" type="text" size="10" readonly="readonly" value="<?php echo $importe; ?>"/></td>
<td align="center">
<Select name="id_tit[<? echo $idx ?>]" style="width:170">
<option value="0">Estado de Cuota:</option>
<option value="1">A pagar</option>
<option value="2">Pagado</option>
</Select>
</td>
<td colspan="2" align="center"> </td>
</tr>
<?
}// if Not Domingo!!
} //Ciclo for
?>
Si te fijas bien veras que los nombres de las casillas y select es de esta forma:
Fecha[1],
Importe[1],
id_tit[1]
Fecha[2],
Importe[2],
id_tit[2]
Y asi sucesivamente de acuerdo a la cantidad de cuotas que se genere, eso se llama Matrices (Array en Ingles), luego te enseno como insertar o actualizar a uno a uno dentro de un bucle utilizando esas matrices.
Saludos.